Réalisé par Luke Scott, « Morgan » est un science-fiction thriller qui explore les thèmes de la conscience sensible à travers une histoire intrigante sur les androïdes et les humains. À la fin du film, Lee Weathers se retrouve dans une course contre la montre pour mettre fin à l’opération qui a conduit à la naissance de Morgan, craignant que le projet ne soit hors de contrôle. Cependant, les choses se compliquent à mesure que les émotions et les sentiments humains prennent le dessus sur les scientifiques sur place, qui encouragent le développement de leur dernière invention, compromettant la sécurité de toutes les personnes impliquées. En tant que spécialiste de la gestion des risques, Lee doit relever les défis à venir alors que le comportement incontrôlé de Morgan atteint un point critique. Pourtant, ce n’est qu’à la conclusion du film qu’un point brûlant de l’intrigue est abordé, conduisant à une fin ambiguë pour la protagoniste et sa vraie nature. SPOILERS À VENIR.
Le film commence avec Lee Weathers, spécialiste de la gestion des risques chez SynSect, recevant un appel pour résoudre un problème sur l'un des sites d'opérations secrets de l'entreprise, appelé projet L9. Lee arrive sur place et est accueillie par Ted Brenner, le chef de projet, qui lui fait visiter les lieux avant de lui montrer la chambre dans laquelle elle séjournera. Lee ne perd pas de temps avant d'examiner l'avancement du projet L9 et la situation actuelle. L'un des responsables du projet, le Dr Simon Ziegler, explique à Lee qu'ils ont construit un organisme hybride humain/synthétique capable de traiter les émotions comme les humains tout en décrivant l'efficacité technique d'une machine bien huilée. L'organisme est devenu une adolescente et est connu sous le nom de Morgan. Lee fait la connaissance de Morgan, l'appelant « elle » devant les scientifiques.

Il s’avère que quelques jours avant l’arrivée de Lee, Morgan a poignardé la scientifique résidente, la Dre Kathy Grieff, à l’œil après avoir eu des sautes d’humeur incontrôlées. L'explosion a conduit Lee à être contactée par les hauts responsables de la SynSect, qui l'ont chargée d'évaluer la situation sur le terrain et de prendre une décision concernant Morgan. Grâce à plusieurs interactions avec les autres scientifiques impliqués dans le projet, y compris l'autre responsable du projet, le Dr Lui Cheng, Lee se rend compte que chaque membre du personnel s'est investi émotionnellement dans le bien-être de Morgan et la considère comme une humaine. Cependant, il est évident que Morgan souffre d’une incapacité à gérer correctement sa situation. Elle a été autorisée à sortir de sa cage avec le Dr Amy Menser, ce qui lui a donné un avant-goût du monde extérieur. Au cours d'un de ces voyages, Morgan tue un cerf pour soulager ses souffrances après son empalement.
Finalement, un psychologue et expert en IA nommé Dr Alan Shapiro visite l'établissement pour procéder à une évaluation psychologique complète de Morgan et déterminer si elle pense et se sent comme une humaine. Shapiro ne tient pas compte des conseils que lui ont donnés les scientifiques résidents concernant la conduite de la séance derrière la paroi vitrée de la cage. Au lieu de cela, il s'assoit en face d'elle, adoptant une approche plus intime de la procédure. Au cours de leur séance, Morgan montre des signes d'instabilité émotionnelle et de vulnérabilité, révélateurs de son immaturité. Lorsque Shapiro la pousse au bord du gouffre, Morgan claque et se précipite sur lui, lui déchirant la gorge et le tuant sur le coup. Le chaos s'ensuit dans l'établissement jusqu'à ce que Lee parvienne à tranquilliser Morgan et la renvoie au laboratoire. Elle décide que Morgan est trop difficile à contrôler et doit être éliminé immédiatement.
Après s'être réveillée des effets du tranquillisant, Morgan se rend compte qu'elle a été attachée au lit et qu'elle se prépare à être interrompue. Ziegler proteste contre le meurtre de Morgan car elle constitue l'ensemble de l'œuvre de sa vie. Cependant, le Dr Cheng dit à Ziegler qu'il devrait abandonner ses espoirs car leur travail sur Morgan a été un échec, et ils doivent le reconnaître. Ziegler quitte le laboratoire alors que l'équipe de scientifiques administre le sédatif à Morgan. Une fois qu'elle est assommée, les autres scientifiques bloquent l'opération et indiquent clairement qu'ils ne sont pas disposés à tuer Morgan. Au lieu de cela, ils tranquillisent Lee et l'enferment dans la cellule de Morgan. Pendant ce temps, ils se précipitent au secours de la jeune fille, qui se réveille et commence à attaquer les scientifiques, croyant qu'ils l'ont trahie. Elle tue tout le monde dans l'établissement, sauf le Dr Amy Menser, qui, selon la jeune fille, est la seule à être bonne avec elle.

Lee parvient à lui échapper cellule de prison en grimpant par une ouverture. Pendant ce temps, Morgan s'enfuit de l'installation principale avec Amy à ses côtés. Lee fait équipe avec Skip Vronsky, qui survit également à la tuerie de Morgan, et se dirige vers la résidence de Lui Cheng, où la jeune fille se dirige pour tuer Cheng et Ziegler. Morgan entre dans la maison et tue Kathy désorientée. Elle découvre alors que Simon Ziegler est déjà mort, s'étant suicidé à cause de l'échec du projet L9 et de sa participation à celui-ci. Elle retrouve Cheng dans sa chambre, où la responsable du projet enregistre son résumé final de son travail et les regrets qu'elle a d'avoir échoué avec Morgan. Ils ont un dernier échange en chinois, Morgan qualifiant Cheng de « mère » avant de l'étouffer à mort. Lee arrive peu de temps après pour découvrir les cadavres de Ziegler et Cheng.
Alors qu'il enquêtait sur les locaux de la résidence de Ziegler et Cheng, Lee tombe dans une embuscade tendue par Morgan. Cependant, Lee parvient étonnamment bien à égaler la force et l’agilité supérieures de Morgan, ce qui fait que le combat dure un bon moment. Finalement, Morgan s'échappe avec Amy et s'en va. Lee les poursuit de près avec Skip, qui lui donne une idée approximative de l'endroit où Morgan pourrait se diriger : le lac. Comme le lac compte beaucoup pour Morgan en raison de son exposition limitée au monde extérieur, Skip explique que la jeune fille cherche probablement quelque chose à quoi s'accrocher émotionnellement. Morgan arrive au lac et emmène Amy avec elle, fascinée par la beauté de l'eau et ce que cela signifie pour elle spirituellement. Au loin, Lee tire une balle de fusil, incitant Morgan à l'affronter dans une bataille.

Les deux femmes s'affrontent dans les bois, se retrouvant une fois de plus sur un pied d'égalité. Cependant, Morgan parvient à empaler Lee sur une pointe, sortant victorieux alors que le protagoniste semble se vider de son sang. Morgan retourne au lac et exhorte Amy à l'accompagner. Amy refuse, disant à Morgan qu'elle doit s'arrêter avant de pointer une arme sur la fille. Pendant que Morgan hésite, Lee, encore en vie, tend une embuscade à la jeune fille par l'arrière, la jetant à l'eau et finissant par la noyer à mort. Amy regarde sous le choc horreur alors que Lee termine sa mission et se débarrasse de Morgan comme prévu. Par la suite, le protagoniste prend l’arme d’Amy et lui tire dessus à bout portant. Elle retourne à la voiture, où Skip demande où se trouve Amy. En entendant sa question, Lee lui tire une balle dans la tête puis s'en va.
Alors que la mort d’Amy et Skip est un choc, les dernières parties de « Morgan » révèlent pourquoi Lee a pris des mesures aussi drastiques et extrêmes. Il s'avère que Lee est un androïde comme Morgan. Elle est une création de la gamme de modèles L4, ce qui en fait une ancienne version d'un androïde synthétique, dépourvue des capacités émotionnelles de Morgan, qui a été conçue pour le traitement des émotions humaines. Cela explique pourquoi Lee est capable d'égaler Morgan au combat sur un pied d'égalité. Les hauts responsables de SynSect discutent de la valeur et de la fiabilité des anciens synthétiques par rapport aux produits plus récents comme Morgan. Ils louent Lee Weathers comme un spécimen parfait d'un vieux modèle synthétique qui fonctionne toujours de la manière que ses patrons lui disent de le faire. Ainsi, elle est très efficace de par sa stabilité et son manque d’émotions lorsqu’il s’agit de traiter des sujets complexes.

La scène finale du film se déroule dans un restaurant où Lee est assise dans son stand pendant que ses supérieurs discutent de son sort ailleurs. Pendant ce temps, à l'intérieur du magasin, Lee retourne ses mains et les regarde de la même manière comme Morgan quand Alan Shapiro l'interroge. L'action rappelle la façon dont Morgan a commencé à se demander qui ou ce qu'elle est en tant qu'être. Il est probable qu'après les événements du film, Lee ait commencé à s'interroger sur son but dans la vie et à se demander si elle n'est qu'une arme que SynSect utilise pour accomplir ses sales tâches. Il est évident qu’elle est exploitée comme une arme par l’entreprise et, en tant que telle, ses désirs personnels peuvent commencer à entrer en conflit avec les objectifs primordiaux que ceux-ci lui ont fixés. Cela signifie qu'elle pourrait être le prochain être synthétique à se rebeller contre le système, un peu comme Morgan elle-même.